Mikroekolojik dengeyi etkileyen ana faktörler, çevre, konak ve mikropun üç yönü olarak özetlenebilir.
Hava kirliliği, iklim değişikliği, yem ve içme suyu bozulması, kirlilik ve diğer dış faktörler, mikrobiyal florayı ve kolonizasyon durumu mutasyonunu etkileyen konakçı işlev bozukluğuna ve metabolik bozukluklara yol açabilir. Azaltılmış ortam sıcaklığı gibi, bağırsak bifidobakterilerini azaltabilir.
Konağın bağışıklık fonksiyonu, invaziv saldırıya direnmek ve konak savunma yeteneğinin arttırılmasında önemli bir faktördür ve aynı zamanda immünosüpresif ve immünosüpresif olduğunda mikrobiyal dengesizliği azaltan endotoksinin ortadan kaldırılması için önemli bir sistemdir. Konağın mide asit salgısı, safra salgısı, anormal bağırsak hareketleri gibi fizyolojik fonksiyonu da mikro-ekolojik bozukluklara yol açar.
Antibiyotikler, flora dengesizliğine, ekolojik dengeye ciddi hasara neden olmak, konakçı flora bariyerinin kaybına, biyolojik antagonizm kaybına, endojen patojenlere ve ekzojen patojenlerin kitle üremesine neden olmanın önemli bir faktörüdür.
